 Kira Yamato: Un joven coordinador que se encontraba en el satélite de Heliopolis mientras era atacado por Z.A.F.T. En una racha de mala suerte el se convirtió en el piloto del Gundam que quedaba: el GAT-X 105 Strike Gundam. Aparte el es el único coordinador en una nave de naturales. Lo cual hace que la gente sospeche de él y lo utilice. Lo peor es que su oponente es su mejor amigo ni más ni menos que Athrun Zala.
Athrun Zala: Piloto del Aegis Gundam. Kira y él fueron grandes amigos, pero que éste se halle en el bando de los naturales causará graves divisiones entre ellos, y más dado que su madre, Lenore Zala murió en el Bloody Valentine y que su padre, Patrick Zala, es el líder principal del consejo de ZAFT. La situación empeora cuando Lacus Clyne, su prometida, admite que le gusta Kira, y más todavía cuando ve a Kira acabar con las vidas de camaradas de ZAFT, incluyendo a Nicol Amalfi, piloto del Blitz Gundam.
Lacus Clyne: Ella es una cantante y la hija del líder de PLANT Siegel Clyne. Kira la rescata después de que su nave de civiles explota . Se cree que algunas veces tenga una personalidad extraña. Debido a su naturaleza caritativa el ayuda a Kira después de que Flay mentalmente lo destruye aparte de ayudarlo a él a escapar de los superiores de Athrun.
Cagalli Yula Athha: Hija de Uzumi Nara Athha líder de Orb, conocido también como el "El león de Orb". Viajó a Heliopolis para descubrir la verdad acerca de los rumores de la creación de los nuevos Mobile Suits de la Alianza. Allí conocerá por primera vez a Kira con quien se reencontrará más adelante en África, donde formará parte del grupo rebelde Desert Dawn, el cual, formado por nativos intenta expulsar a ZAFT de su tierra.
Flay Allster: La hija de un importante representante de la Alianza Terrestre, estudia en la misma colonia que el resto de los jóvenes personajes de la serie (Kira, Sai, Tolle, etc.) y que por azares del destino acaba también en el Arcángel, luchando al principio por escapar del frente a toda costa y más tarde movida por el odio.
Rau le Creuse: Un gran piloto en las fuerzas de Zaft. el es el comandante superior en las batallas contra Archangel y aparte es muy estricto. Usa una máscara tras la cual oculta su verdadero rostro y toma medicamentos para solucionar los problemas internos de su cuerpo. Mas tarde será el piloto del Providence Gundam.
Yzak Joule: Es probablemente uno de los personajes con el carácter mas áspero y competitivo de los pilotos de Zaft, él es el piloto del Duel Gundam. Envidia la posición que tiene Athrun ya que esta al mando de sus fuerzas y su único deseo es llegar a matar a Kira por humillarlo.
Nicol Amalfi: Forma parte de los pilotos de los Gundams robados por Zaft, es un gran amigo de Athrun, es el mas positivo y bueno del grupo, pilotea el Blitz Gundam.
Dearka Elsman: Otro de los compañeros del grupo de Athrun, es amigo de Yzak y comparten casi el mismo caracter, pero Dearka es mas sociable. Roba el Buster Gundam el cual piloteara hasta el final de la serie.
Mwu la Flaga: Juega un papel muy importante a lo largo de toda la historia, es el teniente de la gran nave Archangel y también el piloto del Mobius Zero. Mwu tiene una fuerte relación con la capitana de dicha nave, Murrue Ramius. A medida que la serie avanza, se verá el conflicto que tiene con Rau Le Creuse.
Murrue Ramius: Tras la muerte del verdadero capitán del Archangel en la invasión que hizo Zaft a la colonia Heliopolis, ejercerá el nuevo cargo de capitana de la nave. Ella es una gran líder y muy buena persona. Le gusta Mwu La Flaga.
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